Odstranění duplikátů
Vždy je dobré zkontrolovat, jestli sekvenční čtení neobsahují příliš mnoho duplikátů.
# Sample with duplicates of class: ShortReadQ
dfqsample
# Get the reads from dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)
# Counting duplicates
table(srduplicated(mydReads))
Jak bys odstranil/a duplikovaná čtení ze souboru? Pozor na to, jaká podmínka má být použita v tomto filtru.
Toto cvičení je součástí kurzu
Úvod do Bioconductoru v R
Interaktivní praktické cvičení
Proměňte teorii v praxi s jedním z našich interaktivních cvičení
Začít cvičení