Úvod do projektu Bioconductor

Create Your Free Account

or

By continuing, you accept our Terms of Use, our Privacy Policy and that your data is stored in the USA.

Toto cvičení je součástí kurzu

Úvod do Bioconductoru v R

SkillTag.level.intermediateSkillTag.label

4.8+

121 reviews

Začněte kurz zdarma

V této kapitole si Bioconductor vyzkoušíš v praxi. Bioconductor je specializované úložiště bioinformatického softwaru, které vyvíjí a spravuje komunita R. Naučíš se instalovat a používat balíčky Bioconductoru. Seznámíš se s objekty a funkcemi třídy S4, protože většina balíčků v Bioconductoru z S4 vychází. Navíc prozkoumáš balíček BSgenome na reálném genomickém datasetu houby.

Exercise 1: Úvod do projektu Bioconductor

Aktuální cvičení

Exercise 2: Verze Bioconductoru Exercise 3: Instalace balíčků pomocí BiocManageru Exercise 4: Role S4 v Bioconductoru Exercise 5: Definice třídy S4 Exercise 6: Interakce s třídami Exercise 7: Biologie genomických datasetů Exercise 8: Objevování genomu kvasinek Exercise 9: Rozdělení genomu kvasinky Exercise 10: Dostupné genomy

Biostrings jsou paměťově efektivní kontejnery pro řetězce. Balíček Biostrings obsahuje párovací algoritmy a další nástroje pro rychlou manipulaci s velkými biologickými sekvencemi nebo jejich sadami. Jak efektivní dokážeš být, když pro své sekvence zvolíš správné kontejnery? Naučíš se pracovat s abecedami a manipulovat se sekvencemi – a to na malém genomu viru.

Exercise 1: Úvod do Biostrings Exercise 2: Prozkoumání genomu viru Zika Exercise 3: Kontejnery Biostrings Exercise 4: Manipulace s Biostrings Exercise 5: Práce se sekvencemi Exercise 6: Ze sady na jednu sekvenci Exercise 7: Subsetting sady sekvencí Exercise 8: Nejčastější funkce pro manipulaci se sekvencemi Exercise 9: Proč nás zajímají vzory?Exercise 10: Hledání vzoru Exercise 11: Hledání palindromů Exercise 12: Hledání konzervované oblasti v šesti čtecích rámcích Exercise 13: Hledání shody

Balíčky IRanges a GenomicRanges jsou kontejnery pro ukládání a manipulaci s genomickými intervaly a proměnnými definovanými podél genomu. Díky svým bohatým funkcím poskytují infrastrukturu a podporu mnoha dalším balíčkům Bioconductoru. Naučíš se pracovat s těmito kontejnery a jejich přidruženými metadaty pro manipulaci se sekvencemi. Jako datová sada poslouží zvláštní gen zájmu v lidském genomu.

Exercise 1: IRanges a genomické struktury Exercise 2: IRanges Exercise 3: Vytváření objektů IRanges Exercise 4: Práce s IRanges Exercise 5: Gen zájmu Exercise 6: Z tabulkových dat do Genomic Ranges Exercise 7: Přístupové metody pro GenomicRanges Exercise 8: Mutace ABCD1 Exercise 9: Chromozom X lidského genomu Exercise 10: Manipulace s kolekcemi objektů GRanges Exercise 11: Sekvenční okno Exercise 12: Je tam?Exercise 13: Více o ABCD1 Exercise 14: Kolik transkriptů?Exercise 15: Z objektu GRangesList na objekt GRanges

ShortRead je balíček pro načítání, manipulaci a hodnocení souborů ve formátech fasta a fastq. Umožňuje ti vybírat podmnožiny sekvencí, ořezávat je, filtrovat a vytvářet zprávy o jejich kvalitě. Na závěr jako bonus získáš nástroje pro paralelní hodnocení kvality – ano, mluvíme o Rqc. A jako datová sada poslouží sekvence genomu rostliny!

Exercise 1: Sekvenční soubory Exercise 2: Proč fastq?Exercise 3: Načítání souborů Exercise 4: Prozkoumání souboru fastq Exercise 5: Extrahuj vzorek ze souboru fastq Exercise 6: Kvalita sekvencí Exercise 7: Zkoumání kvality sekvencí Exercise 8: Graf kvality bází Exercise 9: Vyzkoušej si vlastní graf četnosti nukleotidů Exercise 10: Shoda a filtrování Exercise 11: Filtrování čtení za chodu!Exercise 12: Odstranění duplikátů Exercise 13: Ještě více filtrování!Exercise 14: Vícenásobné hodnocení kvality Exercise 15: Vykreslování průměrné kvality cyklu Exercise 16: Úvod do Bioconductoru