Začněte nyníZačněte zdarma

Kolik transkriptů?

Pamatuješ si z videa, jak jsme zjišťovali délku exonů v jednom z transkriptů našeho genu zájmu? Teď je řada na tobě – zjisti, kolik transkriptů má gen ABCD1. Použij k tomu:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Jakmile získáš všechny transkripty podle genu, můžeš vybrat libovolný gen podle jeho id. Id genu ABCD1 je 215. Malý tip: pro výběr informací o konkrétním genu použij zpětné uvozovky (backticks) kolem id genu, například transcripts$`215`.

Toto cvičení je součástí kurzu

Úvod do Bioconductoru v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

  • Načti databázi lidských transkriptů do hg.
  • Předfiltruj chromozom X pomocí seqlevels().
  • Získej všechny transkripty v hg podle "gene", výsledky ulož do hg_chrXt a vypiš je.
  • Vyber gen `215` z hg_chrXt pomocí $.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
Upravit a spustit kód