1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Úvod do Bioconductoru v R
Connected

cvičení

Kolik transkriptů?

Pamatuješ si z videa, jak jsme zjišťovali délku exonů v jednom z transkriptů našeho genu zájmu? Teď je řada na tobě – zjisti, kolik transkriptů má gen ABCD1. Použij k tomu:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Jakmile získáš všechny transkripty podle genu, můžeš vybrat libovolný gen podle jeho id. Id genu ABCD1 je 215. Malý tip: pro výběr informací o konkrétním genu použij zpětné uvozovky (backticks) kolem id genu, například transcripts$`215`.

Pokyny

100 XP
  • Načti databázi lidských transkriptů do hg.
  • Předfiltruj chromozom X pomocí seqlevels().
  • Získej všechny transkripty v hg podle "gene", výsledky ulož do hg_chrXt a vypiš je.
  • Vyber gen `215` z hg_chrXt pomocí $.