1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Úvod do Bioconductoru v R
Connected

cvičení

Prozkoumání genomu viru Zika

Teď je řada na tobě – prozkoumej genom viru Zika, který je v tvém pracovním prostředí načtený jako zikaVirus. Genom byl stažen z NCBI a můžeš na něj aplikovat funkce z balíčku Biostrings, aby ses o něm dozvěděl/a víc.

Začni tím, že zkontroluješ abecedu sekvence.

alphabet() # Zobrazí písmena obsažená v sekvenci
alphabetFrequency() # Zobrazí počty výskytů jednotlivých písmen

Zapomeňte z videa, že každá abeceda odpovídá konkrétnímu kontejneru Biostrings a obvykle obsahuje i dodatečná kódová písmena a symboly.

Pokyny 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Pomocí alphabet() zjisti, jaká písmena jsou obsažena v zikaVirus.