Prozkoumání genomu viru Zika
Teď je řada na tobě – prozkoumej genom viru Zika, který je v tvém pracovním prostředí načtený jako zikaVirus. Genom byl stažen z NCBI a můžeš na něj aplikovat funkce z balíčku Biostrings, aby ses o něm dozvěděl/a víc.
Začni tím, že zkontroluješ abecedu sekvence.
alphabet() # Zobrazí písmena obsažená v sekvenci
alphabetFrequency() # Zobrazí počty výskytů jednotlivých písmen
Zapomeňte z videa, že každá abeceda odpovídá konkrétnímu kontejneru Biostrings a obvykle obsahuje i dodatečná kódová písmena a symboly.
Toto cvičení je součástí kurzu
Úvod do Bioconductoru v R
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Load packages
library(Biostrings)
# Check the alphabet of the zikaVirus
___