เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

การแบ่งส่วนจีโนมยีสต์

จีโนมมักมีขนาดใหญ่ แต่โดยทั่วไปแล้วเราจะสนใจเฉพาะบางบริเวณของมันเท่านั้น ดังนั้นจึงจำเป็นต้องตัดเอาส่วนที่ต้องการออกมาจากจีโนม โดยใช้ getSeq() พร้อมระบุชื่อโครโมโซม รวมถึงตำแหน่งเริ่มต้นและสิ้นสุดของช่วงลำดับที่ต้องการ

ตัวอย่างต่อไปนี้จะเลือกเบสของ "chrI" ตั้งแต่ตำแหน่ง 100 ถึง 150

getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)

หมายเหตุ: names เป็นพารามิเตอร์ที่ไม่จำเป็นต้องระบุ หากไม่ระบุ ฟังก์ชันจะคืนค่าโครโมโซมทั้งหมด ส่วน start และ end ก็เป็นตัวเลือกเช่นกัน หากไม่ระบุ จะใช้ค่าเริ่มต้นคือ 1 และความยาวของลำดับตามลำดับ

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

Bioconductor เบื้องต้นใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • ใช้ getSeq() เพื่อดึง 30 เบสแรกของโครโมโซม M ("chrM") ในออบเจกต์ yeastGenome

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)

# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3

# Get the first 30 bases of chrM
___
แก้ไขและรันโค้ด