เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

สำรวจคุณภาพของซีเควนซ์

ถึงคราวของคุณแล้วที่จะตรวจสอบคุณภาพของ fqsample ขั้นตอนนี้มีความสำคัญมากก่อนที่จะเริ่มการวิเคราะห์อื่น ๆ เพื่อระบุปัญหาของข้อมูลได้อย่างรวดเร็ว

หากต้องการตรวจสอบค่า encoding ของแต่ละตัวอักษรใน quality() ให้ใช้ encoding():

encoding(quality(fqsample))

สำหรับสรุปผลการประเมินคุณภาพ (QA) ให้ใช้ qa():

qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)

qaSummary นี้ถูกสร้างไว้ให้คุณแล้ว สามารถเข้าถึงองค์ประกอบของ QA ได้ด้วย qaSummary[["nameElement"]] โดยที่ nameElement คือชื่อขององค์ประกอบที่ต้องการตรวจสอบ

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

Bioconductor เบื้องต้นใน R

ดูคอร์ส

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load ShortRead
library(___)

# Check quality
___(___)
แก้ไขและรันโค้ด