เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

กรองรีดข้อมูลได้ทันที!

จะเกิดอะไรขึ้นถ้าจากรีดทั้งหมดในไฟล์ คุณสนใจเฉพาะบางรีดเท่านั้น? ใช้ตัวกรองได้เลย!

สมมติว่าสนใจเฉพาะรีดที่ขึ้นต้นด้วยรูปแบบ "ATGCA" ฟังก์ชันกรองขนาดเล็กสามารถทำงานนี้ได้โดยใช้ฟังก์ชัน srFilter():

myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")

ฟังก์ชันนี้ถูกสร้างไว้ให้แล้ว โดยรับออบเจกต์ที่สืบทอดจาก ShortRead เป็น input และคืนค่าเฉพาะรีดที่ขึ้นต้นด้วยรูปแบบ "ATGCA" มาลองนำฟังก์ชันนี้ไปใช้กันเลย!

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

Bioconductor เบื้องต้นใน R

ดูคอร์ส

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load package ShortRead
library(ShortRead)

# Check class of fqsample
___

# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]

# Check class of selectedReads
___
แก้ไขและรันโค้ด