สำรวจลำดับเบสของไวรัสซิกา
ถึงตาแล้วที่จะสำรวจจีโนมของไวรัสซิกา ซึ่งโหลดไว้ในพื้นที่ทำงานแล้วในชื่อตัวแปร zikaVirus จีโนมนี้ดาวน์โหลดมาจาก NCBI และสามารถใช้ฟังก์ชันจาก Biostrings เพื่อศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมได้
เริ่มต้นด้วยการตรวจสอบ alphabet ของลำดับเบส
alphabet() # แสดงตัวอักษรที่รวมอยู่ในลำดับเบส
alphabetFrequency() # แสดงจำนวนครั้งของแต่ละตัวอักษร
จากที่เรียนในวิดีโอ แต่ละ alphabet จะสอดคล้องกับ Biostring container เฉพาะประเภท และโดยทั่วไปแต่ละ alphabet จะมีรหัสตัวอักษรและสัญลักษณ์พิเศษเพิ่มเติมด้วย
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
Bioconductor เบื้องต้นใน R
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Load packages
library(Biostrings)
# Check the alphabet of the zikaVirus
___