เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

การสร้าง IRanges

ในวิดีโอได้แสดงตัวอย่างการใช้งาน IRanges constructor ไปแล้ว ถึงตาฝึกสร้าง sequence ranges ด้วยอาร์กิวเมนต์ต่าง ๆ เพื่อดูว่าอาร์กิวเมนต์เหล่านั้นถูกนำมาใช้หรือเสริมกันอย่างไร

เมื่อใช้ฟังก์ชัน IRanges() สามารถระบุพารามิเตอร์ได้ เช่น start, end หรือ width โดยค่าที่ใส่ให้แต่ละพารามิเตอร์แบ่งออกเป็นสองประเภท:

  • start, end และ width เป็น numeric vector
  • พารามิเตอร์ start เป็น logical vector

หากอาร์กิวเมนต์ใดขาดหายไป จะถูกคำนวณด้วยสมการ width = end - start + 1

IRanges() constructor กำหนดให้พารามิเตอร์ทั้งหมดเป็น optional โดยมีค่าเริ่มต้นเป็น NULL:

IRanges(start = NULL, end = NULL, width = NULL, names = NULL)

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

Bioconductor เบื้องต้นใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

สร้างออบเจ็กต์ IRanges จำนวน 3 รายการด้วยอาร์กิวเมนต์ดังนี้:

  • IRnum1: กำหนด start เป็นเวกเตอร์ค่า 1 ถึง 5 และ end เท่ากับ 100
  • IRnum2: กำหนด end เท่ากับ 100 และ width เท่ากับ 89 และ 10
  • IRlog1: กำหนด start เป็น Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T))
  • ลองพิมพ์ออบเจ็กต์แล้วดูผลลัพธ์ที่ได้!

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load IRanges package
library(___)

# IRnum1: start - vector 1 through 5, end - 100  
IRnum1 <- ___

# IRnum2: end - 100, width - 89 and 10
IRnum2 <- ___

# IRlog1: start = Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)))
IRlog1 <- IRanges(___ = Rle(___))

# Print objects in a list
print(list(IRnum1 = IRnum1, IRnum2 = IRnum2, IRlog1 = IRlog1))
แก้ไขและรันโค้ด