เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

มี transcript กี่รายการ?

จำได้ไหมที่เราค้นพบความยาวของ exon ใน transcript หนึ่งของยีนที่สนใจในวิดีโอ? ถึงตาคุณแล้ว — ลองหาดูว่ายีน ABCD1 มี transcript ทั้งหมดกี่รายการ โดยใช้คำสั่ง:

transcriptsBy(x, by = "gene")

เมื่อได้ข้อมูล transcripts ทั้งหมดตามยีนแล้ว สามารถเลือกยีนใดก็ได้โดยใช้ id ของยีนนั้น โดย id ของยีน ABCD1 คือ 215 เคล็ดลับในการเลือกข้อมูลของยีนที่ต้องการคือใช้ backtick ครอบ id ยีน เช่น transcripts$`215`

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

Bioconductor เบื้องต้นใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • โหลด human transcripts DB ไปยังตัวแปร hg
  • กรองข้อมูลล่วงหน้าเฉพาะโครโมโซม X โดยใช้ seqlevels()
  • ดึง transcripts ทั้งหมดใน hg ตาม "gene" เก็บผลลัพธ์ไว้ใน hg_chrXt แล้วแสดงผล
  • เลือกยีน `215` จาก hg_chrXt โดยใช้ $

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
แก้ไขและรันโค้ด