ฟิลเตอร์เพิ่มเติม!
ยอดเยี่ยม! ตอนนี้ที่ได้ฝึกการกรอง reads มาบ้างแล้ว มาลองใช้ฟังก์ชัน polynFilter() กัน ฟังก์ชันนี้จะคัดเลือก reads ที่มีนิวคลีโอไทด์ซ้ำกันน้อยกว่าจำนวนที่กำหนด ตัวอย่างเช่น polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) จะคัดเลือก reads ทั้งหมดที่มี A น้อยกว่า 20 ตัว พารามิเตอร์ nuc คือเวกเตอร์ของตัวอักษรที่ประกอบด้วยสัญลักษณ์ IUPAC ของนิวคลีโอไทด์ หรือค่า "other" สำหรับสัญลักษณ์ที่ไม่ใช่นิวคลีโอไทด์
ออบเจกต์ fqsample มีอยู่ใน workspace ของคุณแล้ว
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
Bioconductor เบื้องต้นใน R
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil