ตัวเข้าถึงข้อมูลของ GenomicRanges
ในแบบฝึกหัดที่แล้ว คุณได้สร้างอ็อบเจกต์ GRanges จาก data frame ที่มีข้อมูลพื้นฐาน และตอนนี้จะได้รู้ว่า GRanges สามารถเก็บข้อมูลได้มากกว่านั้นมาก!
ลองใช้ accessor method เพื่อสำรวจอ็อบเจกต์ GRanges ชื่อ myGR สามารถดึงคุณลักษณะต่าง ๆ ออกมาได้ เช่น ชื่อโครโมโซม จำนวนลำดับ ชื่อของแต่ละลำดับ ข้อมูล strand, score, ความยาว และอื่น ๆ อีกมาก
ต่อไปนี้คือ accessor พื้นฐานของ GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
สำหรับรายการ accessor ทั้งหมด สามารถตรวจสอบได้ด้วย methods(class = "GRanges")
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
Bioconductor เบื้องต้นใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
- ดึงข้อมูลลำดับของ
myGR - ตรวจสอบ metadata โดยใช้
mcols()
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___