or
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
ในบทนี้ จะได้ลงมือปฏิบัติกับ Bioconductor โดยตรง Bioconductor คือแหล่งรวมแพ็กเกจเฉพาะทางด้านไบโออินฟอร์เมติกส์ ที่พัฒนาและดูแลโดยชุมชน R จะได้เรียนรู้วิธีติดตั้งและใช้งานแพ็กเกจของ Bioconductor รวมถึงทำความรู้จักกับอ็อบเจกต์และฟังก์ชันแบบ S4 เนื่องจากแพ็กเกจส่วนใหญ่ใน Bioconductor สืบทอดมาจาก S4 นอกจากนี้ยังได้ใช้ชุดข้อมูลจีโนมจริงของเชื้อราเพื่อสำรวจแพ็กเกจ BSgenome อีกด้วย
Biostrings คือคอนเทนเนอร์สำหรับจัดเก็บสตริงที่ใช้หน่วยความจำอย่างมีประสิทธิภาพ พร้อมอัลกอริทึมการจับคู่และเครื่องมืออื่น ๆ สำหรับการจัดการลำดับชีวภาพขนาดใหญ่ได้อย่างรวดเร็ว จะได้เรียนรู้เกี่ยวกับตัวอักษรทางชีวภาพ (alphabets) และการจัดการลำดับนิวคลีโอไทด์ โดยใช้จีโนมขนาดเล็กของไวรัสเป็นตัวอย่าง
แพ็กเกจ IRanges และ GenomicRanges เป็นคอนเทนเนอร์สำหรับจัดเก็บและจัดการช่วงจีโนม (genomic intervals) รวมถึงตัวแปรที่กำหนดตามตำแหน่งในจีโนม แพ็กเกจเหล่านี้ทำหน้าที่เป็นโครงสร้างพื้นฐานและสนับสนุนแพ็กเกจอื่น ๆ ใน Bioconductor อีกมากมาย จะได้เรียนรู้วิธีใช้คอนเทนเนอร์เหล่านี้และข้อมูล metadata ที่เกี่ยวข้อง เพื่อจัดการลำดับนิวคลีโอไทด์ โดยชุดข้อมูลที่ใช้จะเป็นยีนที่มีความสำคัญพิเศษในจีโนมของมนุษย์
ShortRead คือแพ็กเกจสำหรับนำเข้า จัดการ และประเมินคุณภาพไฟล์ FASTA และ FASTQ สามารถตัดทอน กรอง และเลือกลำดับที่สนใจได้ รวมถึงสร้างรายงานคุณภาพได้ด้วย ในช่วงท้ายของบทนี้ยังจะได้รู้จักกับเครื่องมือสำหรับการประเมินคุณภาพแบบขนานอย่าง Rqc อีกด้วย ชุดข้อมูลที่ใช้ในบทนี้เป็นลำดับจีโนมของพืช
แบบฝึกหัดปัจจุบัน