เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

จากข้อมูลตารางสู่ Genomic Ranges

ในวิดีโอ คุณได้เรียนรู้วิธีสร้างออบเจกต์ GRanges โดยสามารถกำหนด GRange ด้วยชื่อของช่วง ตำแหน่งเริ่มต้น และตำแหน่งสิ้นสุด (seqnames, start, และ end) นอกจากนี้ หากข้อมูลอยู่ในรูปแบบตาราง ก็สามารถแปลงให้กลายเป็นออบเจกต์ GRanges ได้เช่นกัน มาลองใช้ data frame ชื่อ seq_intervals กัน เนื่องจากนี่คือรูปแบบที่มักใช้เก็บช่วงลำดับของคุณ หมายเหตุ: หากคุณถนัด tibble ก็สามารถใช้แทนได้เช่นกัน

จะใช้ data frame seq_intervals ที่กำหนดไว้ล่วงหน้า แล้วแปลงให้เป็นออบเจกต์ GRanges โดยใช้ฟังก์ชัน as() ซึ่งแนะนำไปในวิดีโอที่ผ่านมา โดยฟังก์ชันนี้รับออบเจกต์และชื่อของคลาสที่ต้องการแปลงไป

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

Bioconductor เบื้องต้นใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • โหลด GenomicRanges
  • พิมพ์ seq_intervals เพื่อดูโครงสร้างข้อมูล
  • แปลง seq_intervals ให้เป็นออบเจกต์ GRanges แล้วตั้งชื่อออบเจกต์ใหม่ว่า myGR
  • พิมพ์ myGR

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
แก้ไขและรันโค้ด