โครโมโซม X ของจีโนมมนุษย์
ถึงตาคุณแล้วที่จะใช้แพ็กเกจ TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene และดึงข้อมูลจากมัน เช่นเดียวกับในวิดีโอ คุณจะ subset ยีนทั้งหมดในโครโมโซม X โดยใช้ฟังก์ชัน genes() พร้อมอาร์กิวเมนต์ filter ที่กำหนดให้เลือกอินสแตนซ์ที่ tx_chrom = "chrX" จากนั้นสำรวจ subset ของยีนนี้
จำไว้ว่า filter รับค่าเป็น list() ของเงื่อนไขสำหรับเลือก genome intervals ที่ต้องการ
หากต้องการทดลองใช้ตัวกรองอื่น ชื่อที่ใช้ได้ในลิสต์นี้ได้แก่: "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" และ "exon_rank"
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
Bioconductor เบื้องต้นใน R
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Load human reference genome hg38
library(___)
# Assign hg38 to hg, then print it
___
hg