เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

ดึงตัวอย่างจากไฟล์ fastq

ถึงตาคุณแล้ว — ลองดึงตัวอย่างจากลำดับที่มี reads จำนวนมาก

คุณจะใช้ไฟล์เดิมจากแบบฝึกหัดก่อนหน้า ไฟล์นี้มี 500 reads แต่ละ read ยาว 50 bp โดย path ของไฟล์ถูกเก็บไว้ในออบเจ็กต์ชื่อ f

ใช้ FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed(), และ yield() เพื่อดึง 100 reads จากไฟล์ลำดับของคุณ

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

Bioconductor เบื้องต้นใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • โหลด ShortRead
  • ใช้ set.seed() โดยกำหนดค่าเป็น 1234
  • ใช้ FastqSampler() กับไฟล์ fastq ขนาดเล็กที่อยู่ใน f และเลือก 100 reads
  • ใช้ yield() เพื่อสร้างลำดับย่อย

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
แก้ไขและรันโค้ด