ค้นหาบริเวณที่มีความอนุรักษ์สูงใน 6 เฟรมอ่าน
ยินดีด้วยที่มาถึงจุดนี้!
ตอนนี้เราจะค้นหาลำดับโปรตีน NS5 ในลำดับของไวรัสซิกา โปรตีน NS5 เป็นโปรตีนที่มีความอนุรักษ์สูงมากในกลุ่มไวรัส โดยได้ดาวน์โหลดและโหลดข้อมูลให้แล้วจาก Uniprot
ลำดับ DNA ของไวรัสซิกาถูกถอดรหัสเป็น RNAStringSet ชื่อ rnaframesZikaSet ซึ่งประกอบด้วย 6 เฟรมอ่าน (หนึ่งเฟรมต่อหนึ่งลำดับ) เพื่อให้แปลเป็นกรดอะมิโนได้ ในการค้นหา ให้กำหนดอาร์กิวเมนต์ max.mismatch ใน vcountPattern() เพื่อเพิ่มความยืดหยุ่นในการค้นหา
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
Bioconductor เบื้องต้นใน R
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Print rnaframesZikaSet
___
# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F