Dela upp jästsvampens genom
Genom är ofta stora, men intresset ligger vanligtvis i specifika regioner. Därför behöver vi ta ut delar av ett genom genom att extrahera sekvensintervall. Använd getSeq() och ange kromosomens namn samt start- och slutposition för det intervall du vill hämta.
Följande exempel väljer baserna i "chrI" från position 100 till 150.
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
Obs: names är valfritt – om det inte anges returneras alla kromosomer. Parametrarna start och end är också valfria och får standardvärdena 1 respektive sekvensens längd om de utelämnas.
Den här övningen är en del av kursen
Introduktion till Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Använd
getSeq()för att hämta de första 30 baserna i M-kromosomen ("chrM") iyeastGenome-objektet.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
___