Hitta en konserverad region inom sex ramar
Bra jobbat hittills!
Nu ska du söka efter proteinsekvensen NS5 i Zikavirus-sekvensen. NS5 är ett mycket konserverat virusprotein. Det har laddats ned och lästs in åt dig från Uniprot.
Zikavirus DNA-sekvensen har transkriberats till en RNAStringSet som heter rnaframesZikaSet. Mängden innehåller sex läsramar (en per sekvens) som du ska översätta till aminosyror. Under sökningen anger du argumentet max.mismatch i ditt anrop till vcountPattern() för att göra sökningen mer flexibel.
Den här övningen är en del av kursen
Introduktion till Bioconductor i R
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Print rnaframesZikaSet
___
# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F