Kom igångKom igång gratis

Från tabelldata till Genomic Ranges

I videon lärde du dig olika sätt att skapa GRanges-objekt. Du kan definiera ett GRange med ett intervallnamn, start- och slutposition (seqnames, start och end). Om du har data i tabellformat kan du också omvandla det till ett GRanges-objekt. Här använder vi en dataram som heter seq_intervals, eftersom det troligen är där du har lagrat dina sekvensintervall. Obs: du kan även använda en tibble om du föredrar det.

Du kommer att använda den fördefinierade dataramen seq_intervals och omvandla den till ett GRanges-objekt med hjälp av funktionen as(). Funktionen as() introducerades i förra videon – den tar ett objekt och namnet på den klass som objektet ska konverteras till.

Den här övningen är en del av kursen

Introduktion till Bioconductor i R

Visa kurs

Övningsinstruktioner

  • Läs in GenomicRanges.
  • Skriv ut seq_intervals för att se hur det ser ut.
  • Omvandla seq_intervals till ett GRanges-objekt och kalla det nya objektet myGR.
  • Skriv ut myGR.

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
Redigera och kör kod