Utforska en fastq-fil

Fastq-filer innehåller vanligtvis tusentals eller miljontals reads och kan bli mycket stora! I den här övningen använder du ett litet fastq-delurval med 500 reads, som ryms enkelt i minnet och kan läsas in helt med funktionen readFastq().

Originalsekvensen kommer från Arabidopsis thaliana, tillhandahållen av UC Davis Genome Center. Accessionsnumret är SRR1971253 och hämtades från Sequence Read Archive (SRA). Den innehåller DNA från bladvävnad, poolat och sekvenserat på Illumina HiSeq 2000. Sekvenserna är single-read-sekvenser med en längd på 50 baspar (bp).

fqsample är ett ShortReadQ-objekt och innehåller information om reads, kvalitetspoäng och id:n. Nu är det din tur att utforska det!