Vanliga funktioner för sekvensmanipulering
Hittills har du lärt dig de vanligaste funktionerna för sekvensmanipulering:
reverse()
complement()
reverseComplement()
translate()
I praktiken kan du manipulera riktigt stora sekvenser med dessa funktioner.
För att se värdet och resultaten av dessa funktioner i den här övningen använder du dock en liten delmängd. Objektet zikv, som du tidigare har tagit ut från Zika-genomet, innehåller bara 30 baser.
Den här övningen är en del av kursen
Introduktion till Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
Testa funktionerna med zikv:
- Vänd sekvensen.
- Ta komplementet av sekvensen.
- Ta det omvända komplementet av sekvensen.
- Translatera sekvensen.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Reverse the zikv sequence
reverse(___)
# Complement the zikv sequence
___
# Reverse complement the zikv sequence
___
# Translate the zikv sequence
___