Söka efter ett mönster
Nu ska vi hitta förekomster av ett mönster i zikaVirus-mängden med hjälp av vmatchPattern(). Sedan provar vi samma mönstermatchning med matchPattern() på en enskild sekvens, zikv.
# For Sets
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG",
subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)
# For single sequences
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG",
subject = zikv, max.mismatch = 1)
Båda funktionerna ska hitta samma antal förekomster, men du kommer att märka att utdata ser olika ut. Hur många träffar får du när du kör varje mönstermatchning separat?
Den här övningen är en del av kursen
Introduktion till Bioconductor i R
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Gör teori till handling med en av våra interaktiva övningar
Starta övningen