Kom igångKom igång gratis

Extrahera ett urval från en fastq-fil

Nu är det din tur att ta ett urval från en sekvens med många reads.

Du kommer att använda samma fil som i föregående övning. Filen innehåller 500 reads, var och en på 50 bp. Filsökvägen är lagrad i ett objekt kallat f.

Med hjälp av FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() och yield() kan du ta ett urval på 100 reads från din sekvenfil.

Den här övningen är en del av kursen

Introduktion till Bioconductor i R

Visa kurs

Övningsinstruktioner

  • Ladda ShortRead.
  • Använd set.seed() med värdet 1234.
  • Använd FastqSampler() med den lilla fastq-filen som finns i f och välj 100 reads.
  • Använd yield() för att generera delsekvensen.

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
Redigera och kör kod