Kom igångKom igång gratis

Konstruera IRanges

I videon visades några exempel på hur IRanges-konstruktorn används. Nu är det din tur att öva på att skapa sekvensintervall med olika argument och se hur dessa argument återanvänds eller kompletteras.

Med funktionen IRanges() kan du ange parametrar som start, end eller width. Dessa parametrar kan tillhöra en av två kategorier:

  • start, end och width är numeriska vektorer.
  • Parametern start är en logisk vektor.

Saknade argument beräknas med formeln width = end - start + 1.

Konstruktorn IRanges() anger att alla parametrar är valfria med standardvärdet NULL:

IRanges(start = NULL, end = NULL, width = NULL, names = NULL)

Den här övningen är en del av kursen

Introduktion till Bioconductor i R

Visa kurs

Övningsinstruktioner

Konstruera tre IRanges-objekt med följande argument:

  • IRnum1: Ett start lika med en vektor med värdena 1 till 5 och end lika med 100.
  • IRnum2: Ett end lika med 100 och width lika med både 89 och 10.
  • IRlog1: start lika med Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)).
  • Skriv ut objekten och se resultaten!

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Load IRanges package
library(___)

# IRnum1: start - vector 1 through 5, end - 100  
IRnum1 <- ___

# IRnum2: end - 100, width - 89 and 10
IRnum2 <- ___

# IRlog1: start = Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)))
IRlog1 <- IRanges(___ = Rle(___))

# Print objects in a list
print(list(IRnum1 = IRnum1, IRnum2 = IRnum2, IRlog1 = IRlog1))
Redigera och kör kod