Filtrera reads i farten!
Tänk dig att du bara är intresserad av en delmängd av alla reads i en fil. Då kan du använda ett filter!
Säg att du enbart vill ha de reads som börjar med mönstret "ATGCA". En liten filterfunktion klarar jobbet med hjälp av srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Den här funktionen, som redan har skapats åt dig, tar ett ShortRead-härlett objekt som indata och returnerar de reads som börjar med mönstret "ATGCA". Nu är det dags att använda funktionen!
Den här övningen är en del av kursen
Introduktion till Bioconductor i R
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___