Kom igångKom igång gratis

Hur många transkript?

Kommer du ihåg hur vi i videon undersökte längden på exonerna i ett av transkripten för vår gen av intresse? Nu är det din tur att ta reda på hur många transkript genen ABCD1 har. Det kan du göra med:

transcriptsBy(x, by = "gene")

När du har hämtat alla transkript per gen kan du välja en specifik gen via dess id. Gen-id:t för ABCD1 är 215. Ett tips för att välja information om en specifik gen är att använda backticks runt gen-id:t, till exempel transcripts$`215`.

Den här övningen är en del av kursen

Introduktion till Bioconductor i R

Visa kurs

Övningsinstruktioner

  • Läs in den mänskliga transkriptdatabasen till hg.
  • Förfiltrera kromosom X med seqlevels().
  • Hämta alla transkript i hg per "gene", lagra resultatet i hg_chrXt och skriv ut det.
  • Välj gen `215` från hg_chrXt med $.

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
Redigera och kör kod