Utforska Zika-virusets sekvens
Nu är det din tur att utforska Zika-virusets genom, som har laddats in i din arbetsyta som zikaVirus. Genomet hämtades från NCBI och du kan använda funktioner från Biostrings för att lära dig mer om det.
Börja med att kontrollera sekvensens alfabet.
alphabet() # Visar bokstäverna som ingår i sekvensen
alphabetFrequency() # Visar antalet förekomster per bokstav
Kom ihåg från videon att varje alfabet motsvarar en specifik Biostring-behållare, och att varje alfabet vanligtvis innehåller extra kodbokstäver och symboler.
Den här övningen är en del av kursen
Introduktion till Bioconductor i R
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Load packages
library(Biostrings)
# Check the alphabet of the zikaVirus
___