Utforska sekvenckvalitet
Nu är det din tur att utföra en kvalitetskontroll på fqsample. Det här är ett viktigt steg innan du fortsätter med vidare analyser, eftersom det snabbt hjälper dig att identifiera eventuella dataproblem.
Använd encoding() för att kontrollera kodningsvärdena för varje tecken i quality():
encoding(quality(fqsample))
Använd qa() för en sammanfattning av kvalitetsbedömningen (QA):
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
qaSummary har redan skapats åt dig. Du kommer åt QA-elementen med qaSummary[["nameElement"]], där nameElement är namnet på det element du vill undersöka.
Den här övningen är en del av kursen
Introduktion till Bioconductor i R
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)