Mänskliga genomets kromosom X
Nu är det din tur att använda paketet TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene och extrahera information från det. Som i videon subsätter du alla gener på kromosom X med funktionen genes() och argumentet filter inställt på att välja instanser där tx_chrom = "chrX". Sedan utforskar du detta delmängd av gener.
Kom ihåg att filter tar emot en list() med filtervillkor för att välja specifika genomintervall.
Om du vill testa andra filter är giltiga namn för den här listan: "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" och "exon_rank".
Den här övningen är en del av kursen
Introduktion till Bioconductor i R
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Load human reference genome hg38
library(___)
# Assign hg38 to hg, then print it
___
hg