Accessorer i GenomicRanges
I föregående övning skapade du ett GRanges-objekt från en dataram med grundläggande information. Nu får du upptäcka att GRanges kan lagra mycket mer!
Använd accessormetoder för att utforska GRanges-objektet myGR. Du kan extrahera egenskaper från ett GRanges-objekt, till exempel kromosomnamn, antal sekvenser, namn på varje sekvens, information om strängar, poäng, längd med mera.
Nedan visas grundläggande accessorer för GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
För en fullständig lista över accessorer kan du köra methods(class = "GRanges").
Den här övningen är en del av kursen
Introduktion till Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Hämta sekvensinformationen för
myGR. - Kontrollera metadata med hjälp av
mcols().
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___