Mer filtrering!
Bra jobbat! Nu när du har övat på att filtrera reads, är det dags att använda funktionen polynFilter(). Den här funktionen väljer ut reads som innehåller färre än ett givet antal på varandra följande nukleotider. Till exempel väljer polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) ut alla reads som innehåller färre än 20 A:n. Parametern nuc är en teckensträng-vektor med IUPAC-symboler för nukleotider, eller värdet "other" för alla icke-nukleotidsymboler.
Objektet fqsample finns tillgängligt i din miljö.
Den här övningen är en del av kursen
Introduktion till Bioconductor i R
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil