1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. Wprowadzenie do Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Podział genomu drożdży

Genomy są często bardzo duże, jednak zazwyczaj interesują nas tylko ich konkretne fragmenty. Dlatego musimy umieć wyodrębniać wybrane części genomu. Aby wskazać przedział sekwencji, użyj funkcji getSeq() i podaj nazwę chromosomu oraz pozycję początkową i końcową interesującego cię fragmentu.

Poniższy przykład wybiera zasady chromosomu "chrI" od pozycji 100 do 150.

getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)

Uwaga: parametr names jest opcjonalny – jeśli go pominiesz, funkcja zwróci wszystkie chromosomy. Parametry start i end również są opcjonalne; jeśli ich nie podasz, przyjmą domyślne wartości odpowiednio 1 oraz długość sekwencji.

Instrukcje

100 XP
  • Użyj funkcji getSeq(), aby pobrać pierwsze 30 zasad chromosomu M ("chrM") z obiektu yeastGenome.