Podział genomu drożdży
Genomy są często bardzo duże, jednak zazwyczaj interesują nas tylko ich konkretne fragmenty. Dlatego musimy umieć wyodrębniać wybrane części genomu. Aby wskazać przedział sekwencji, użyj funkcji getSeq() i podaj nazwę chromosomu oraz pozycję początkową i końcową interesującego cię fragmentu.
Poniższy przykład wybiera zasady chromosomu "chrI" od pozycji 100 do 150.
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
Uwaga: parametr names jest opcjonalny – jeśli go pominiesz, funkcja zwróci wszystkie chromosomy. Parametry start i end również są opcjonalne; jeśli ich nie podasz, przyjmą domyślne wartości odpowiednio 1 oraz długość sekwencji.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Użyj funkcji
getSeq(), aby pobrać pierwsze 30 zasad chromosomu M ("chrM") z obiektuyeastGenome.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
___