Eksploracja sekwencji wirusa Zika
Czas na samodzielną eksplorację genomu wirusa Zika, który został wczytany do twojego środowiska jako zikaVirus. Genom pobrano z NCBI i możesz użyć funkcji z pakietu Biostrings, aby dowiedzieć się o nim więcej.
Rozpocznij od sprawdzenia alfabetu sekwencji.
alphabet() # Pokazuje litery zawarte w sekwencji
alphabetFrequency() # Pokazuje liczbę wystąpień każdej litery
Pamiętaj z filmu, że każdy alfabet odpowiada konkretnemu kontenerowi Biostrings, a każdy alfabet zazwyczaj zawiera dodatkowe litery kodujące i symbole.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load packages
library(Biostrings)
# Check the alphabet of the zikaVirus
___