Zacznij terazZacznij za darmo

Stwórz własny wykres częstości nukleotydów

Czas przyjrzeć się bliżej częstości nukleotydów w poszczególnych cyklach. Najlepszym sposobem jest stworzenie wizualizacji. Zazwyczaj pierwsze cykle są nieco losowe, a następnie częstości nukleotydów powinny się stabilizować.

To ćwiczenie korzysta z kompletnego pliku fastq SRR1971253, dla którego wstępne przetwarzanie zostało już wykonane:

library(ShortRead)
fqsample <- readFastq(dirPath = "data", 
                      pattern = "SRR1971253.fastq")
# extract reads                      
abc <- alphabetByCycle(sread(fqsample))

# Transpose nucleotides A, C, G, T per column
nucByCycle <- t(abc[1:4,]) 

# Tidy dataset
nucByCycle <- nucByCycle %>% 
  as_tibble() %>% # convert to tibble
  mutate(cycle = 1:50) # add cycle numbers

Twoim zadaniem jest stworzenie wykresu częstości nukleotydów według cyklu przy użyciu funkcji z pakietu tidyverse!

To ćwiczenie jest częścią kursu

Wprowadzenie do Bioconductor w R

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

  • Użyj funkcji glimpse() na obiekcie nucByCycle, aby przyjrzeć się danym.
  • Przekształć kolumny z literami nukleotydów do formatu długiego, używając pivot_longer(), i utwórz nową kolumnę count.
  • Stwórz wykres liniowy z cycle na osi x i count na osi y, pokolorowany według zmiennej alphabet.

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Glimpse nucByCycle
___

# Create a line plot of cycle vs. count
nucByCycle %>% 
  # Gather the nucleotide letters in alphabet and get a new count column
  pivot_longer(-cycle, names_to = ___, values_to = ___) %>% 
  ggplot(aes(x = ___, y =  ___, color = ___)) +
  geom_line(size = 0.5 ) +
  labs(y = "Frequency") +
  theme_bw() +
  theme(panel.grid.major.x = element_blank())
Edytuj i uruchom kod