Wyszukiwanie wzorca
Znajdźmy wystąpienia wzorca w zbiorze zikaVirus za pomocą vmatchPattern(). Następnie wykonajmy to samo wyszukiwanie za pomocą matchPattern() dla pojedynczej sekwencji, zikv.
# For Sets
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG",
subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)
# For single sequences
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG",
subject = zikv, max.mismatch = 1)
Obie funkcje powinny znaleźć tę samą liczbę wystąpień, ale wyniki będą miały inną postać. Ile dopasowań pojawia się po uruchomieniu każdego wyszukiwania wzorca osobno?
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Przekształć teorię w praktykę dzięki jednemu z naszych interaktywnych ćwiczeń
Rozpocznij ćwiczenie