Zacznij terazZacznij za darmo

Wyszukiwanie wzorca

Znajdźmy wystąpienia wzorca w zbiorze zikaVirus za pomocą vmatchPattern(). Następnie wykonajmy to samo wyszukiwanie za pomocą matchPattern() dla pojedynczej sekwencji, zikv.

# For Sets
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)
# For single sequences
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikv, max.mismatch = 1)

Obie funkcje powinny znaleźć tę samą liczbę wystąpień, ale wyniki będą miały inną postać. Ile dopasowań pojawia się po uruchomieniu każdego wyszukiwania wzorca osobno?

To ćwiczenie jest częścią kursu

Wprowadzenie do Bioconductor w R

Zobacz kurs

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Przekształć teorię w praktykę dzięki jednemu z naszych interaktywnych ćwiczeń

Rozpocznij ćwiczenie