Okno sekwencji
Aby tymczasowo podzielić fragmenty sekwencji na części, skorzystasz z koncepcji okien o określonej szerokości, które mogą przesuwać się krokami. Jak widzieliśmy w filmie, GRanges udostępnia funkcję slidingWindows() z argumentami takimi jak width i step.
slidingWindows(x, width, step = 1L)
Obiekt GRanges o nazwie ABCD1, z identyfikatorem genu 215 i długością 19895, został wstępnie wczytany na potrzeby tego ćwiczenia. Użyj funkcji ranges(), aby zobaczyć jego strukturę.
ranges(ABCD1)
Jeśli potrzebujesz dokładnie 2 okien przy użyciu step = 1L, jaka jest maksymalna dozwolona szerokość każdego okna?
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Przekształć teorię w praktykę dzięki jednemu z naszych interaktywnych ćwiczeń
Rozpocznij ćwiczenie