Więcej filtrowania!
Świetnie! Skoro masz już trochę wprawy w filtrowaniu odczytów, czas poznać funkcję polynFilter(). Wybiera ona odczyty zawierające mniej niż podaną liczbę kolejnych powtórzeń tego samego nukleotydu. Na przykład polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) wybierze wszystkie odczyty zawierające mniej niż 20 adenin. Parametr nuc to wektor znakowy zawierający symbole IUPAC dla nukleotydów lub wartość "other" dla wszystkich symboli niebędących nukleotydami.
Obiekt fqsample jest dostępny w twoim środowisku pracy.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil