1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. Wprowadzenie do Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Więcej filtrowania!

Świetnie! Skoro masz już trochę wprawy w filtrowaniu odczytów, czas poznać funkcję polynFilter(). Wybiera ona odczyty zawierające mniej niż podaną liczbę kolejnych powtórzeń tego samego nukleotydu. Na przykład polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) wybierze wszystkie odczyty zawierające mniej niż 20 adenin. Parametr nuc to wektor znakowy zawierający symbole IUPAC dla nukleotydów lub wartość "other" dla wszystkich symboli niebędących nukleotydami.

Obiekt fqsample jest dostępny w twoim środowisku pracy.

Instrukcje 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Wyodrębnij sekwencje z obiektu ShortRead fqsample, używając odpowiedniej funkcji.
  • Utwórz filtr o nazwie myFil za pomocą polynFilter z następującymi parametrami:
    • threshold równy 3 nukleotydом.
    • Wektor znakowy nuc równy "A".
  • Sprawdź nowo utworzony filtr, wypisując go do konsoli.