1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. Wprowadzenie do Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Manipulowanie obiektami Biostrings

Korzystając z krótkiej sekwencji (dna_seq) pobranej z obiektu zikaVirus, przećwiczysz dwa biologiczne procesy: transkrypcję i translację.

W pierwszych dwóch częściach tego ćwiczenia zastosujesz te procesy osobno. W ostatniej części wykonasz je w jednym kroku.

W tym ćwiczeniu pracujesz na bardzo krótkiej sekwencji, ale pamiętaj – prawdziwa moc pakietu Biostrings ujawnia się przy pracy z sekwencjami znacznie większych rozmiarów.

Pakiet Biostrings jest już załadowany. Korzystając z obiektu zikaVirus, przetłumacz pierwsze 21 znaków na obiekt AAString.

Instrukcje 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Zastosuj unlist() na zbiorze zikaVirus, a następnie wybierz pierwsze 21 par zasad za pomocą subseq(). Wynikowy obiekt będzie obiektem typu "DNAString".
  • Dokonaj transkrypcji dna_seq na "RNAString" i przypisz wynik do zmiennej rna_seq.