Zacznij terazZacznij za darmo

Od danych tabelarycznych do GenomicRanges

W filmie poznałeś różne sposoby tworzenia obiektów GRanges. Zakres można zdefiniować, podając jego nazwę, pozycję początkową i końcową (seqnames, start i end). Jeśli dane masz w formacie tabelarycznym, możesz je przekształcić w obiekt GRanges. Skorzystamy z ramki danych o nazwie seq_intervals, ponieważ to tam najczęściej przechowuje się interwały sekwencji. Uwaga: możesz też użyć obiektu tibble, jeśli lepiej go znasz.

Użyjesz predefiniowanej ramki danych seq_intervals i przekształcisz ją w obiekt GRanges za pomocą funkcji as(). Funkcja as() była omówiona w poprzednim filmie – przyjmuje obiekt i nazwę klasy, do której ma go przekonwertować.

To ćwiczenie jest częścią kursu

Wprowadzenie do Bioconductor w R

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

  • Wczytaj pakiet GenomicRanges.
  • Wyświetl seq_intervals, żeby zobaczyć jego zawartość.
  • Przekształć seq_intervals w obiekt GRanges i nadaj nowemu obiektowi nazwę myGR.
  • Wyświetl myGR.

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
Edytuj i uruchom kod