1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. Wprowadzenie do Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Chromosom X ludzkiego genomu

Teraz twoja kolej na użycie pakietu TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene i wyodrębnienie z niego informacji. Podobnie jak w filmie, wybierzesz wszystkie geny z chromosomu X, używając funkcji genes() z argumentem filter ustawionym tak, aby wybierać przypadki, w których tx_chrom = "chrX". Następnie przeanalizujesz ten podzbiór genów.

Pamiętaj, że filter przyjmuje list() warunków filtrowania do wyboru określonych przedziałów genomu.

Jeśli chcesz przetestować inne filtry, prawidłowe nazwy dla tej listy to: "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" oraz "exon_rank".

Instrukcje 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Wczytaj TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene za pomocą library(), przypisz go do hg i wyświetl.