Chromosom X ludzkiego genomu
Teraz twoja kolej na użycie pakietu TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene i wyodrębnienie z niego informacji. Podobnie jak w filmie, wybierzesz wszystkie geny z chromosomu X, używając funkcji genes() z argumentem filter ustawionym tak, aby wybierać przypadki, w których tx_chrom = "chrX". Następnie przeanalizujesz ten podzbiór genów.
Pamiętaj, że filter przyjmuje list() warunków filtrowania do wyboru określonych przedziałów genomu.
Jeśli chcesz przetestować inne filtry, prawidłowe nazwy dla tej listy to: "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" oraz "exon_rank".
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load human reference genome hg38
library(___)
# Assign hg38 to hg, then print it
___
hg