Najczęściej używane funkcje manipulacji sekwencjami
Do tej pory poznałeś(-aś) najpopularniejsze funkcje do manipulacji sekwencjami:
reverse()
complement()
reverseComplement()
translate()
W praktyce możesz za ich pomocą przetwarzać naprawdę duże sekwencje.
Aby jednak zobaczyć działanie tych funkcji w tym ćwiczeniu, skorzystasz z niewielkiego fragmentu. Obiekt zikv, który wcześniej wyodrębniono z genomu wirusa Zika, zawiera tylko 30 zasad.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
Przetestuj funkcje, używając zikv:
- Odwróć sekwencję.
- Wyznacz komplement sekwencji.
- Wyznacz odwrotny komplement sekwencji.
- Przetłumacz sekwencję.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Reverse the zikv sequence
reverse(___)
# Complement the zikv sequence
___
# Reverse complement the zikv sequence
___
# Translate the zikv sequence
___