Eksploracja jakości sekwencji
Czas przeprowadzić kontrolę jakości próbki fqsample. To ważny krok przed dalszą analizą – pozwala szybko wykryć ewentualne problemy z danymi.
Aby sprawdzić wartości kodowania dla każdej litery w quality(), użyj funkcji encoding():
encoding(quality(fqsample))
Do uzyskania podsumowania oceny jakości (QA) użyj funkcji qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Obiekt qaSummary został już dla ciebie utworzony. Dostęp do poszczególnych elementów QA uzyskasz za pomocą qaSummary[["nameElement"]], gdzie nameElement to nazwa elementu, który chcesz sprawdzić.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)