1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. Wprowadzenie do Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Eksploracja jakości sekwencji

Czas przeprowadzić kontrolę jakości próbki fqsample. To ważny krok przed dalszą analizą – pozwala szybko wykryć ewentualne problemy z danymi.

Aby sprawdzić wartości kodowania dla każdej litery w quality(), użyj funkcji encoding():

encoding(quality(fqsample))

Do uzyskania podsumowania oceny jakości (QA) użyj funkcji qa():

qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)

Obiekt qaSummary został już dla ciebie utworzony. Dostęp do poszczególnych elementów QA uzyskasz za pomocą qaSummary[["nameElement"]], gdzie nameElement to nazwa elementu, który chcesz sprawdzić.

Instrukcje 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Wczytaj bibliotekę ShortRead.
  • Sprawdź jakość pliku z sekwencjami fqsample.