1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. Wprowadzenie do Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Filtrowanie odczytów w locie!

Co zrobić, jeśli spośród wszystkich odczytów w pliku interesujesz się tylko niektórymi z nich? Możesz użyć filtra!

Powiedzmy, że interesują cię wyłącznie te odczyty, które zaczynają się od wzorca "ATGCA". Małą funkcję filtrującą można stworzyć za pomocą funkcji srFilter():

myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")

Ta funkcja, przygotowana już dla ciebie, przyjmuje obiekt pochodny od ShortRead jako dane wejściowe i zwraca odczyty zaczynające się od wzorca "ATGCA". Czas ją wykorzystać!

Instrukcje 1/2

undefined XP
    1
    2
  • Sprawdź klasę obiektu fqsample.
  • Zastosuj filtr myStartFilter() na fqsample i zapisz wynik w zmiennej selectedReads.
  • Sprawdź klasę obiektu selectedReads.