Filtrowanie odczytów w locie!
Co zrobić, jeśli spośród wszystkich odczytów w pliku interesujesz się tylko niektórymi z nich? Możesz użyć filtra!
Powiedzmy, że interesują cię wyłącznie te odczyty, które zaczynają się od wzorca "ATGCA". Małą funkcję filtrującą można stworzyć za pomocą funkcji srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Ta funkcja, przygotowana już dla ciebie, przyjmuje obiekt pochodny od ShortRead jako dane wejściowe i zwraca odczyty zaczynające się od wzorca "ATGCA". Czas ją wykorzystać!
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___