Wyodrębnij próbkę z pliku fastq
Czas na pobranie próbki z sekwencji zawierającej wiele odczytów.
Skorzystasz z tego samego pliku, co w poprzednim ćwiczeniu. Plik zawiera 500 odczytów, każdy o długości 50 bp. Ścieżka do pliku jest zapisana w obiekcie f.
Używając funkcji FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() i yield(), możesz wyodrębnić 100 odczytów z pliku sekwencji.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Wczytaj bibliotekę
ShortRead. - Użyj funkcji
set.seed()z wartością1234. - Użyj funkcji
FastqSampler()z małym plikiem fastq znajdującym się pod ścieżkąfi wybierz 100 odczytów. - Użyj funkcji
yield(), aby wygenerować podciąg sekwencji.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load ShortRead
library(ShortRead)
# Set a seed for sampling
___
# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)
# Generate new sample yield
my_sample <- ___
# Print my_sample
___