1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. Wprowadzenie do Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Wyodrębnij próbkę z pliku fastq

Czas na pobranie próbki z sekwencji zawierającej wiele odczytów.

Skorzystasz z tego samego pliku, co w poprzednim ćwiczeniu. Plik zawiera 500 odczytów, każdy o długości 50 bp. Ścieżka do pliku jest zapisana w obiekcie f.

Używając funkcji FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() i yield(), możesz wyodrębnić 100 odczytów z pliku sekwencji.

Instrukcje

100 XP
  • Wczytaj bibliotekę ShortRead.
  • Użyj funkcji set.seed() z wartością 1234.
  • Użyj funkcji FastqSampler() z małym plikiem fastq znajdującym się pod ścieżką f i wybierz 100 odczytów.
  • Użyj funkcji yield(), aby wygenerować podciąg sekwencji.