Zacznij terazZacznij za darmo

Ile transkryptów?

Pamiętasz, jak w filmie odkrywaliśmy długość eksonów w jednym z transkryptów naszego genu? Teraz twoja kolej – sprawdź, ile transkryptów ma gen ABCD1. Możesz to zrobić, korzystając z:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Po pobraniu wszystkich transkryptów według genu możesz wybrać dowolny gen na podstawie jego identyfikatora. Identyfikator genu ABCD1 to 215. Aby wybrać informacje dotyczące konkretnego genu, użyj apostrofów wokół identyfikatora, np. transcripts$`215`.

To ćwiczenie jest częścią kursu

Wprowadzenie do Bioconductor w R

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

  • Wczytaj bazę danych ludzkich transkryptów do hg.
  • Przefiltruj wstępnie chromosom X za pomocą seqlevels().
  • Pobierz wszystkie transkrypty z hg według "gene", zapisz wyniki w hg_chrXt i wyświetl je.
  • Wybierz gen `215` z hg_chrXt za pomocą $.

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
Edytuj i uruchom kod