1. Nauka
  2. /
  3. Kursy
  4. /
  5. Wprowadzenie do Bioconductor w R

Connected

ćwiczenie

Ile transkryptów?

Pamiętasz, jak w filmie odkrywaliśmy długość eksonów w jednym z transkryptów naszego genu? Teraz twoja kolej – sprawdź, ile transkryptów ma gen ABCD1. Możesz to zrobić, korzystając z:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Po pobraniu wszystkich transkryptów według genu możesz wybrać dowolny gen na podstawie jego identyfikatora. Identyfikator genu ABCD1 to 215. Aby wybrać informacje dotyczące konkretnego genu, użyj apostrofów wokół identyfikatora, np. transcripts$`215`.

Instrukcje

100 XP
  • Wczytaj bazę danych ludzkich transkryptów do hg.
  • Przefiltruj wstępnie chromosom X za pomocą seqlevels().
  • Pobierz wszystkie transkrypty z hg według "gene", zapisz wyniki w hg_chrXt i wyświetl je.
  • Wybierz gen `215` z hg_chrXt za pomocą $.