1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. Wprowadzenie do Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Wyszukiwanie konserwowanego regionu w sześciu ramkach odczytu

Gratulacje – dotarłeś już tak daleko!

Teraz poszukasz sekwencji białka NS5 w sekwencji wirusa Zika. NS5 to bardzo konserwowane białko wirusowe. Zostało pobrane i wczytane dla ciebie z bazy Uniprot.

Sekwencja DNA wirusa Zika została przepisana do obiektu RNAStringSet o nazwie rnaframesZikaSet. Zbiór zawiera sześć ramek odczytu (po jednej na sekwencję) do przetłumaczenia na aminokwasy. Podczas wyszukiwania użyjesz argumentu max.mismatch w wywołaniu funkcji vcountPattern(), aby dodać elastyczność do wyszukiwania.

Instrukcje 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Wyświetl obiekt rnaframesZikaSet.
  • Przetłumacz wszystkie 6 ramek odczytu na aminokwasy i wyświetl wynik.