Wyszukiwanie konserwowanego regionu w sześciu ramkach odczytu
Gratulacje – dotarłeś już tak daleko!
Teraz poszukasz sekwencji białka NS5 w sekwencji wirusa Zika. NS5 to bardzo konserwowane białko wirusowe. Zostało pobrane i wczytane dla ciebie z bazy Uniprot.
Sekwencja DNA wirusa Zika została przepisana do obiektu RNAStringSet o nazwie rnaframesZikaSet. Zbiór zawiera sześć ramek odczytu (po jednej na sekwencję) do przetłumaczenia na aminokwasy. Podczas wyszukiwania użyjesz argumentu max.mismatch w wywołaniu funkcji vcountPattern(), aby dodać elastyczność do wyszukiwania.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Print rnaframesZikaSet
___
# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F