Akcesory GenomicRanges
W poprzednim ćwiczeniu utworzyłeś obiekt GRanges z ramki danych zawierającej podstawowe informacje. Przekonasz się, że GRanges może przechowywać znacznie więcej!
Skorzystaj z metod akcesorowych, aby zbadać obiekt GRanges o nazwie myGR. Możesz z niego wyodrębnić takie informacje, jak nazwy chromosomów, liczba sekwencji, nazwy poszczególnych sekwencji, informacje o nici, wynik, długość i wiele innych.
Poniżej znajdziesz podstawowe akcesory dla GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Pełną listę akcesorów możesz sprawdzić za pomocą methods(class = "GRanges").
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Pobierz informacje o sekwencjach dla obiektu
myGR. - Sprawdź metadane za pomocą funkcji
mcols().
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___