1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. Wprowadzenie do Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Akcesory GenomicRanges

W poprzednim ćwiczeniu utworzyłeś obiekt GRanges z ramki danych zawierającej podstawowe informacje. Przekonasz się, że GRanges może przechowywać znacznie więcej!

Skorzystaj z metod akcesorowych, aby zbadać obiekt GRanges o nazwie myGR. Możesz z niego wyodrębnić takie informacje, jak nazwy chromosomów, liczba sekwencji, nazwy poszczególnych sekwencji, informacje o nici, wynik, długość i wiele innych.

Poniżej znajdziesz podstawowe akcesory dla GRanges:

seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)

Pełną listę akcesorów możesz sprawdzić za pomocą methods(class = "GRanges").

Instrukcje

100 XP
  • Pobierz informacje o sekwencjach dla obiektu myGR.
  • Sprawdź metadane za pomocą funkcji mcols().