Usuwanie duplikatów
Sprawdzanie, czy odczyty sekwencji nie zawierają zbyt wielu duplikatów, to zawsze dobra praktyka.
# Sample with duplicates of class: ShortReadQ
dfqsample
# Get the reads from dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)
# Counting duplicates
table(srduplicated(mydReads))
Jak usunąć zduplikowane odczyty z pliku? Zwróć uwagę na to, jaki warunek powinien znaleźć się w tym filtrze.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Wprowadzenie do Bioconductor w R
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Przekształć teorię w praktykę dzięki jednemu z naszych interaktywnych ćwiczeń
Rozpocznij ćwiczenie