Zacznij terazZacznij za darmo

Usuwanie duplikatów

Sprawdzanie, czy odczyty sekwencji nie zawierają zbyt wielu duplikatów, to zawsze dobra praktyka.

# Sample with duplicates of class: ShortReadQ
dfqsample

# Get the reads from dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)

# Counting duplicates
table(srduplicated(mydReads))

Jak usunąć zduplikowane odczyty z pliku? Zwróć uwagę na to, jaki warunek powinien znaleźć się w tym filtrze.

To ćwiczenie jest częścią kursu

Wprowadzenie do Bioconductor w R

Zobacz kurs

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Przekształć teorię w praktykę dzięki jednemu z naszych interaktywnych ćwiczeń

Rozpocznij ćwiczenie