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酵母ゲノムの分割

ゲノムは一般に大きいですが、関心のあるのはその一部の領域であることが多いです。そのため、必要な部分を取り出してゲノムをサブセット化する必要があります。シーケンス区間を指定するには、getSeq() を使い、染色体名と区間の開始位置・終了位置を指定します。

次の例では、"chrI" の 100 から 150 までの塩基を取得します。

getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)

注意: names は省略可能です。指定しない場合は、すべての染色体が返されます。start と end も省略可能で、指定しない場合は、それぞれ既定値の 1 とシーケンスの長さが使用されます。

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演習の手順

  • getSeq() を使って、yeastGenome オブジェクト内の M 染色体（"chrM"）の先頭 30 塩基を取得してください。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)

# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3

# Get the first 30 bases of chrM
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